Τα αρχεία της Java είναι όλα αρχεία πηγαίου κώδικα με επέκταση .java, όπως για παράδειγμα Myclass.java.

Κάθε αρχείο, θα πρέπει να περιέχει μόνο μία κλάση, η οποία θα έχει το ίδιο όνομα με το αρχείο. Δηλαδή το αρχείο Myclass.java, θα περιέχει μόνο μία κλάση, την κλάση Myclass.

Κάθε project, αποτελείται από πολλά αρχεία. Για να είναι εκτελέσιμο, σε ένα από τα αρχεία του πρέπει να υπάρχει μία μέθοδος main:

Ο κώδικας της παραπάνω εικόνας, βρίσκεται μέσα σε ένα αρχείο με όνομα HelloWorld.java. Περιέχει μία κλάση με όνομα HelloWorld και μία μέθοδο main (κεντρική), η οποία εμφανίζει  το μήνυμα Hello World.

Για καλύτερη οργάνωση των java projects, οι κλάσεις - αρχεία, οργανώνονται σε πακέτα. Τα πακέτα μπορεί να περιέχουν άλλα πακέτα.

Όταν προγραμματίζουμε, αποθηκεύουμε τα αρχεία μας με επέκταση .java. Στη συνέχεια, μεταγλωττίζουμε το αρχείο μας (στο περιβάλλον Eclipse) και παράγεται το εκτελέσιμο από το JVM αρχείο με επέκταση .class: